在生物反應(yīng)器接種后，使用三種主要類型的生物反應(yīng)器工藝：分批、連續(xù)和分批補(bǔ)料。分批生物反應(yīng)器工藝包括用培養(yǎng)基和接種物填充生物反應(yīng)器，并在不添加營(yíng)養(yǎng)物或培養(yǎng)基的情況下運(yùn)行生物反應(yīng)器，直到完成生長(zhǎng)曲線。 
連續(xù)生物反應(yīng)器工藝不斷地將營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)和培養(yǎng)基送入生物反應(yīng)器，同時(shí)也不斷地從生物反應(yīng)器中收集材料。由于材料不斷被收獲，這些過(guò)程可能會(huì)導(dǎo)致收獲材料的數(shù)量更大和生物反應(yīng)器的活動(dòng)時(shí)間更長(zhǎng)。缺點(diǎn)是，較長(zhǎng)的生物反應(yīng)器活動(dòng)大大增加了污染的機(jī)會(huì)。 
分批補(bǔ)料生物反應(yīng)器工藝是較為常用的生物反應(yīng)器工藝。這個(gè)過(guò)程從較低的起始體積開(kāi)始，并按照設(shè)定的時(shí)間表及時(shí)補(bǔ)加營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)和培養(yǎng)基，使得產(chǎn)品可以持續(xù)收獲。該過(guò)程完成后，再將收獲材料以進(jìn)行下游加工。
生物反應(yīng)器將生化產(chǎn)品轉(zhuǎn)化為產(chǎn)品。在某些情況下，細(xì)胞滅活或滅菌是在 生物反應(yīng)器中進(jìn)行的，例如在水處理中。描述了許多不同的生物反應(yīng)器和生物反應(yīng)器應(yīng)用，包括用于細(xì)胞生長(zhǎng)、酶生產(chǎn)、 生物催化、食品生產(chǎn)、牛奶加工、擠壓、組織工程、藻類生產(chǎn)、蛋白質(zhì)合成和厭氧消化的那些是經(jīng)過(guò)設(shè)計(jì)和生產(chǎn)的容器，旨在為酶或整個(gè)細(xì)胞將生化物質(zhì)轉(zhuǎn)化為產(chǎn)品提供有效環(huán)境。在某些情況下，細(xì)胞滅活或滅菌在生物反應(yīng)器中進(jìn)行，例如在水處理中。描述了許多不同的生物反應(yīng)器和生物反應(yīng)器應(yīng)用，包括用于細(xì)胞生長(zhǎng)、酶生產(chǎn)、生物催化、食品生產(chǎn)、牛奶加工、擠壓、組織工程、藻類生產(chǎn)、蛋白質(zhì)合成和厭氧消化的那些。